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The HYDRUS software has been developed by leading (award winning) scientists in the field of vadose zone hydrology (Rien Genuchten and Jirka Simunek). Note that both of them are Fellows of AGU (American Geophysical Union),
HYDRUS is a Microsoft Windows based modeling environment for the analysis of water flow and solute transport in variably saturated porous media. The software package includes computational finite element models for simulating the one-, two-, and three-dimensional movement of water, heat, and multiple solutes in variably saturated media.
HYDRUS可执行Marquardt-Levenberg类型参数估计技术为选定的土壤进行水力逆估计或溶质运移以及测量瞬态或稳态流和运移数据（仅在2本中）。此过程允许估计几个未知的参数，如观察到的水含量、压头、浓度或瞬时或累积边界通量(如渗透或流出数据)。额外的保留或水力传导率数据以及约束优化的参数补偿函数，约束优化的参数保持在可行域(贝叶斯估计)，可包含在参数估计过程中。
一个新的模块模拟地下水流人工湿地的生化转化和降解过程，此模块是为HYDRUS 的二维应用开发的(2005年的Langergraber和Simunek，2009年的Langergraber et al)。 这个模块认为大量的物理、化学和生物过程活跃在湿地，包括生物化学降解和转化过程三组分的有机物质(易降解、慢慢可生物降解和惰性)，四氮的化合物(铵、亚硝酸盐、硝酸盐、和双氮)、无机磷、异养和自养微生物,溶氧和/或硫，他们同时活跃而且相互影响。
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使用应用到三角元素网络中的Galerkin的线性有限元方法来求解控制方程。饱和和不饱和的状态是通过有限差分格式集成实现的。结果方程是以迭代方式求解的，通过线性化和随后的高斯消元法对带状矩阵、对称矩阵的共轭梯度法或不对称矩阵正交极小化方法。额外的措施来提高瞬态问题的求解效率，包括自动时间步调整和确保Courant和 Peclet数字不超过预设水平。使用1990年Celia et al.提出的质量守恒法来评估水的含量。减少数值振荡上行重量作为求解运移方程的选项包含在里面。
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